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Cancer genome data analysis and knowledgebase #
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Cancer genomics Data analysis and Cancer genome knowledge base - 김형용 학위논문 준비 자료 모음

논문 국문 제목 (예정): 암 유전체 대용량 데이터 분석을 위한 방법과 지식베이스 구축

논문준비 #

전체 논문은 4개의 파트로 이루어짐.

WES 데이터로 CNA 탐색 (SNP6.0과 비교) #

CNV calling from NGS data 방법 연구 - TCGA 유방암 419 사례 WES 데이터로 7개의 도구 CNA 탐지 결과를 Genome-Wide Human SNP Array 6.0과 비교함 - Oncotarget에 투고. 리비전중.

WGS 데이터로 Genome rearrangement, Gene fusion 탐색 (RNA-seq과 비교) #

암패널 NGS 데이터 혹은 WES도 가능하지 않을까?

관련 자료 #

관련 프로그램들 #

RNA-seq 기반

WGS 기반

둘다

관련 논문 #

데이터셋 탐색 #

  • 위 SR 논문에서 사용한 RNA-seq 데이터 - SRR1657556, SRR1657557, SRR1657558, SRR1657559, SRR1657560, and SRR1657561

유전자 변이, 발현, 예후분석 기반 암 유전자 스크리닝 #

유전자 발현과 예후 데이터 셋으로 부터 암종별, 서브타입별 타겟 유전자 발굴하기, 후성유전관련 타겟 유전자 탐색 - 핵심은 서브타입별 유의한 타겟 유전자 발굴

관련 방법 #

관련 논문 #

in silico 암 표적 유전자 스크리닝 (biomarker discovery)

기존 분석 프로그램

예후 관련

유전자 네트워크와 합성치사

암 구분

약물 추천

기타

암 유전자 네트워크 분석 #

유전자 변이(SNV), 발현(Gene expression) 변화, Synthetic lethality, 공발현에 기반한 유전자 네트워크를 구축하고, 환자별 임상 genomic abbreation 데이터로부터 유용한 정보를 제공하기

관련 데이터 #

관련 논문 #

네트워크 일반 #

Quantitative network #

Synthetic lethality #

Suggested Pages #

web biohackers.net
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