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TCGA #
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The Cancer Genome Atlas (TCGA)Cancer에 관한 유전변이 데이터를 통합 축적하고, 생물정보 분석하고자 하는 목적으로 2005년부터 시작된 프로젝트로, 미국 NCI(National Cancer Institute)와 NHGRI(National Human Genome Research Institute)에서 운영 관리하고 있다. (http://en.wikipedia.org/wiki/The_Cancer_Genome_Atlas)

주로 관리하는 유전변이 데이터는 다음과 같다.

이곳 데이터는 특정 조건에 맞도록 공유되는데, TCGA Data Portal 혹은 Cancer Genomics Hub (CGHub)이라는 별도의 서비스를 통해 접근할 수 있다. 또한 특별한 분석을 거친 후, 분석 결과를 체계화하여 또 다른 별도의 사이트에서도 서비스된다. cBioPortal 서비스가 대표적이다.

TCGA Research Network에는 다음과 같은 예하 컴포넌트들이 존재한다.

  1. Biospecimen Core Resource (BCR): 샘플 조직들을 카테고리화하고, QC하고, 환자정보와 함께 저장 관리한다.
  2. Genome Characterization Centers (GCCs): 암 유발 유전변이를 직접 분석한다.
  3. Genome Sequencing Centers (GSCs): High-throughput 유전체 서열결정을 수행한다.
  4. Proteome Characterization Centers (PCCs): NCI의 Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium으로 TCGA 샘플에 대한 단백체적 확인을 수행한다.
  5. Data Coordinating Center (DCC): TCGA Data Portal을 관리한다. 연구 커뮤니티에서 효과적으로 사용할 수 있도록 데이터를 저장 관리 공유한다.
  6. Cancer Genomics Hub (CGHub): 서열데이터를 특정 보안 저장소에서 관리하고, 공유한다.
  7. Genome Data Analysis Centers (GDACs): 수천 샘플을 통합 분석한다.

TCGA Data Portal #

TCGA Data Portal은 연구자들에게 암 유전체 데이터를 검색하고, 다운로드하고, 분석할 수 있는 플랫폼을 제공한다. (lower level 서열 데이터는 제공하지 않는다. CGHub를 이용해야 한다.) 처음 페이지에 전체 34 암종에 대한 데이터 현황을 표시한다. (2014-12-26 현재, Breast cancer (Breast invasive carcinoma)의 경우 1,098개의 케이스 샘플이 관리되고 있다.)

암종 데이터를 선택하면, "Data Matrix Dataset" 화면을 통해, 각 샘플별로 접근 이용 가능한 데이터가 테이블 형식으로 제공된다. 적절하게 선택하고 "Build Archive"를 선택함으로써, 자료를 다운로드 받을 수 있다.

TCGA Biospecimen ID 체계 #

from Understanding TCGA Biospecimen IDs

"TCGA-02-0001-01"

  • Project: TCGA
  • TSS (Tissue source site code and disease type): 02 - GBM
  • Participant
  • Sample: Code for sample type. 01-09 (tumor), 10-19 (normal)

Breast cancer data in TCGA #

TCGA 데이터 가운데 유방암(Breast cancer) 데이터는 다음 링크와 논문을 통해 종합적으로 제공된다.

데이터 구성

  • WES 507 patients (total 1012 BAM file)
    • 1 tumor/blood/adjacent normal/metastatic
    • 110 tumor/blood/adjacent normal
    • 2 tumor/blood/metastatic
    • 36 tumor/adjacent normal
    • 429 tumor/blood

참고 논문 #

참고정보 #

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