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SNP array #
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SNP을 대량으로 typing 하기 위한 Biochip http://en.wikipedia.org/wiki/SNP_array GWAS 연구 등에 활용된다.

이 실험결과를 관리하는 정보관리기술

4배체(tetraploid) 데이터 관련 프로그램

데이터베이스 만들기 #

SNP array 데이터베이스를 만드는데 중간에 막힘. 대안은?

  1. HDF5를 쓰면 충분할 것이라고 생각했는데, 저장상태(append) 검색기능을 쓰기 위해서는 HDF5가 777k 만큼의 컬럼수를 허용하지 않는다. 그 기능을 안쓰면 저장하는데 넘 오래 걸림. 'AA'를 0으로 바꾸는 작업도 매우 오래 걸림.
  2. Relational database도 고려해봤으나, 컬럼수가 최대 만개가 넘지 아니함.

--Hyungyong Kim, 2013-10-25

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