Cancer Genomics Hub is a central repository for the genomics information for three different NCI programs, including TCGA. It supports the establishment of standards and APIs.

GeneTorrent라는 프로그램을 이용하여 데이터를 다운로드 받을 수 있다.

데이터의 종류에는 CCLE (cancer cell lines)와 같은 공개데이터와 TCGA, TARGET, CGCI와 같은 비공개 데이터가 있다. 공개데이터의 경우, GeneTorrent의 다음 명령으로 다운로드 가능하다.

$ gtdownload -vv -d 89324e86-5b7a-4f69-92c1-3b67293f8748 -c https://cghub.ucsc.edu/software/downloads/cghub_public.key

비공개 데이터에 접근하기 위해서는 NIH에 별도의 인증 과정을 거쳐야 한다.

1. NIH eRA Commons 기관등록: 대학의 경우 총장의 등록이 필요하다.
2. NIH eRA Commons PI 등록
3. dbGaP에 위 계정으로 로그인하여 TCGA 데이터 접근 요청
4. 승인 -> cghub.key 발급

이후, 발급된 cghub.key 파일을 이용하여 gtdownload 명령으로 다운로드 받을 수 있다.

2016년 미션 종료라면서 사이트 기능을 GDC로 이관함

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