Genome Analysis Toolkit or GATK is a software package developed at the Broad Institute to analyze high-throughput sequencing data

SNV caller. Java로 만들어짐. 아카데미 사용은 무료이지만 상업적 이용을 위해서는 별도의 라이센스를 구매해야 한다.

라이센스 체계

1. 3rd party 툴 개발 목적일 경우 MIT 라이센스를 가지고 프레임워크를 open free로 제공함
2. 연구기관에서 연구용으로 사용할 경우, Broad Institute가 라이센스를 가지고 풀 패키지를 조건부 제한적 무료로 제공 (연구기관이라도 연구용이 아닌 경우 제한됨)
3. 회사가 연구용으로 사용하거나 서비스 목적일 경우 Appistry 회사가 라이센스를 가지고 있으며, 연간 수천만원 비용을 지급해야 함

관련정보

• GATK Best Practices
  • Best Practices for variant calling with the GATK.pdf 2013-07-09

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