VIPER - Visualization Pipeline for RNA-seq

Snakemake를 이용한 파이프라인. 사용이 쉽고, 최적의 속도, 고도의 모듈화된 코드로 확장이 용이함. 거의 모든 단계를 다름.

1. alighment
2. quality control
3. unsupervised analyses
4. differential expression
5. downstream pathway analysis
6. immune and virus infiltrate

결과들이 HTML 보고서로 생성됨

관련 논문

• VIPER: Visualization Pipeline for RNA-seq, a Snakemake workflow for efficient and complete RNA-seq analysis BMC Bioinformatics 2018-04-12: VIPER - Snakemake로 풀 자동화 - HTML 보고서까지

Tips #

홈페이지 설명대로 진행시 다음과 같은 오류 (bitbucket 최신버전 2018-08-22)

SyntaxError:
Not all output, log and benchmark files of rule rsem contain the same wildcards. This is crucial though, in order to avoid that two or more jobs write to the same file.
  File "/home/hygkim/study/viper/CDK12/viper/viper.snakefile", line 35, in <module>
  File "/home/hygkim/study/viper/CDK12/viper/modules/rsem.snakefile", line 38, in <module>

따로, 버그를 보고할 수 있는 사이트는 보이지 않음. 위 버그는 해당 Snakemake 파일의 benchmarks 부분 혹은 log 부분을 주석처리하면 나오지 않음

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