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Snakemake #
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About
Pipeline for Bioinformatics
Programming Language
Python
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The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and scalable data analyses. Workflows are described via a human readable, Python based language.

GNU make와 유사한 파이프라인 프레임워크. Python 문법을 확장하여 구성됨.

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명령어 사용방법 #

스크립트에 문제가 없나 테스트

$ snakemake -n

전체 프로세스를 DAG로 가시화

$ snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf

10개의 job을 동시에 수행 (개별 rule에 threads 변수가 있는 경우, 그만큼 점유)

$ snakemake --cores 10

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