PCR을 통해 특정서열을 증폭해내고자 할때, 원하는 서열을 콕 집어내려면, 서열을 보고 적절한 primer를 디자인해야한다. Bioinformatics problems 가운데 하나.

약 18-24mer의 oligomer서열과 Tm값을 계산해낼 수 있다. annealing온도의 몇도차이가, 현저한 PCR결과를 만들어낸다.

20base이내인 primer의 Tm값은 다음공식으로 계산될 수 있다.

$$ T_m = 4(G+C) + 2(A+T) $$

그 이상의 길이에 대해서는 NearestNeighobr계산이 필요하다.

Primer내에 적당한 GC contents가 필요하다. 이 GC함량과 Tm과 값을 잘 맞추어야한다.

PCR 생성물의 길이는 PCR 증폭시 그 효율성에 상당히 영향을 준다. 생성물의 길이는 그 목적에 따라 달라지는데, 특정 부위를 확인하는 목적이라면 120-300 bp가 적당하다.

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