In Bioinformatics, BLAST for Basic Local Alignment Search Tool is an algorithm for comparing primary biological sequence information. (http://en.wikipedia.org/wiki/BLAST)

Hash table로 DB 서열을 단어 테이블로 만들고, 인덱싱함. 이를 빠르게 검색한 후, 높은 점수 서열을 Smith–Waterman algorithm으로 Sequence alignment 수행

데이터베이스 동기화 #

rsync -avz ftp.ncbi.nih.gov::genomes/Bacteria/all.fna.tar.gz /data/ncbi/bacteria/
rsync -avz ftp.ncbi.nih.gov::genomes/Bacteria/all.gbk.tar.gz /data/ncbi/bacteria/

혹은

rsync -avz --exclude=all* ftp.ncbi.nih.gov::genomes/Bacteria/* /data/ncbi/bacteria/

그외에도 여러가지 응용이 가능합니다.

Incoming Links #

Related Movies (Movie 0) #

• Gattaca

Related Articles (Article 1) #

• Bioinformatics
• GFF3
• Metagenomics

Related Software Applications (SoftwareApplication 2) #

• MEGAN

Suggested Pages #

• 0.263 cyvcf2
• 0.138 Samtools
• 0.054 BioPerl
• 0.038 파이썬으로 메타지놈 기본 프로파일링 따라하기
• 0.038 QIIME
• 0.037 Gut microbiota
• 0.031 Microbiome
• 0.028 Blue Collar Bioinformatics
• 0.024 단맛만좋아요
• 0.023 세미나 발표: 유전변이의 비밀
• More suggestions...