HGV2013
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- (rev. 5)
- Hyungyong Kim
Structured data
- End Date
- Location
- Seoul
- Start Date
- URL
- http://www.hgv2013.org/
The 14th International Meeting on Human Genome Variation and Complex Genome Analysis (HGV) on Seoul
Table of Contents
Hyungyong Kim의 참가기 #
관련이슈들 #
- 첫째날 좌장에 김철민 교수님, 발표에 김빛내리 교수님
- 둘째날 KHIN 김영진 박사 발표. (예전에 네이처 발표된 한국인 KARE 데이터 분석)
- Variation 분석에 사용되는 도구들 소개 VISTA Rviewer, LYNX KB
- 변이와 HPO(Human Phenotype Ontology)를 연결하려는 노력, GEN2PHEN
- eSNP
- CAGI ( http://genomeinterpretation.org )
KNIH 김영진 박사님과 토론 #
평소 많이 궁금했던 사항들에 대해 물어볼 수 있었음.
- gatk indel 은 안정확하다. 8bp 이상인 경우 FP 80%. 한두개는 괜찮음.
- gatk haplotyper 는 read 를 가지고 만드는 거임. 가족관계를 이용하지 않음. phasing 이 필요하면 beagle로 ped 파일을 추가해서 만드는 것이 좋음.
- 8 samples --> 8 bam --> 1 vcf
- gatk PhaseByTransimssion 도 phasing을 해주긴 함.
- exome data 로는 CNV, SV 불가능. Gene fusion 은 볼 수 있음
- cancer exome 분석해보면 너무 다양하게 나오거나, 당연한 변이인 경우가 많음. TP53,...
- SNV, SV 분석결과는 질병에 따라 다양하게 나옴. mendelian disease의 경우, 명확함. 많은 경우 deletion and loss of function. but complex disease, it's hard to fine genetic association.
- rare variant 는 common variant 와 비슷한 설명력. 그다지 대단하지 않음.
- 살아있는 생명은 그 유전력의 영향이 크지 않음. 개인유전체 별거 아닐수도.
- 10대 조상쯤 전에 생긴 variant 는 population에 드러남.
- 육종분야에 GRM이 잘 동작하는 이유는 형제자매이기 때문. 인간의 경우 빅패밀리라면 유용함.
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