Summary #

Introduction #

Fusion gene은 epithelial 보다는 leukaemias, lymphomas, sarcomas에서 더 자주 발견됨

Landscape of rearrangement #

Primary cancer 보다 Cell line에서 더 많은 rearrangement가 관찰됨. in vitro cluture 중 더 생겼을 수도 있지만, primary cancer에 정상 조직이 섞였을 수도 있고, subtype 특징일 수도 있다.

Architectures of rearrangement #

Classifying each rearrangement according to

1. whether it is in an amplicon or not
2. whether it is in interchromosomal or intrachromosomal
3. whether it results in a deletion, tandem duplication, inversion

Tandem duplication의 경우, 많은 것도 있고, 없는 것도 있는데, DNA mismatch repair의 고장과 관련되어 있을 것으로 보임.

Sequences of rearrangement junctions #

전체 3,642 breakpoint를 확인함. 특별한 motif, 특징은 보이지 않음. GC content는 다소 낮음 (P<0.001)

breakpoint 양쪽 서열간에는 homology가 있다. --> overlapping microhomology

15%에서 non-templated sequence가 보임. --> genome shards

이런 특징들은 Non-homologous end joining signature로 보여짐.

overlapping microhomology의 길이 차이 특징이 있음 (0, 2 bp) - 우연은 아닌 듯. 두개의 서로 다른 NHEJ repair 기전이 작용하는 것으로 보임

Rearrangement of protein coding genes #

50%의 rearrangement가 gene coding 영역과 관련되어 있다. (랜덤하게는 40%임, P<10-7) - cancer clone이 선택하는 것으로 보임.

29 rearrangements가 gene fusion을 만들 것으로 예측됨.

Discussion #

많은 tandem duplication이 ER-, PR- breast cancer와 관련되어 있다 basal-like와 관련됨. 반면 적은 rearrangement는 luminal A/B와 관련되어 있다.

Suggested Pages #

• 0.025 ABL1
• 0.025 PCNA
• 0.025 July 22
• 0.025 BRCA2
• 0.025 September 24
• 0.025 Cancer Research Treatment
• 0.025 Chromosomal translocation
• 0.025 1957
• 0.025 Wellcome Trust Sanger Institute
• 0.025 Nucleic Acids Research
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