NCBI에서 SRA 데이터 처리를 위해 만든 프로그램

다음과 같은 프로그램들이 있다.

1. bi-dump: Convert SRA data into ABI format (csfasta / qual)
2. fastq-dump: Convert SRA data into fastq format
3. illumina-dump: Convert SRA data into Illumina native formats (qseq, etc.)
4. prefetch: Allows command-line downloading of SRA, dbGaP, and ADSP data
5. sam-dump: Convert SRA data to sam format
6. sff-dump: Convert SRA data to sff format
7. sra-stat: Generate statistics about SRA data (quality distribution, etc.)
8. sra-pileup: Generate pileup statistics on aligned SRA data
9. vdb-config: Display and modify VDB configuration information
10. vdb-dump: Output the native VDB format of SRA data.
11. vdb-encrypt: Encrypt non-SRA dbGaP data ("phenotype data")
12. vdb-decrypt: Decrypt non-SRA dbGaP data ("phenotype data")
13. vdb-validate: Validate the integrity of downloaded SRA data

참고 #

• fastq-dump시 기본 옵션이 pair를 하나로 합친 것이다. 분리하려면 --split-spot 옵션 적용 (별도의 파일로 하려면 --split-files)

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