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Cufflinks #
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Structured data

Alternate Name

Transcriptome assembly and differential Gene expression analysis for RNA-Seq

대표적인 RNA-seq 데이터 분석 프로그램

Tuxedo protocol 로 다음과 같은 프로그램의 조합으로 사용된다.

  1. TopHat, STAR
  2. CummeRbund

다음과 같은 파이프라인으로 사용한다. 2.2.1 이후 버전에서는 일반화 분석을 위한 Cuffnorm이 추가됐고, Cuffdiff와 중복되는 부분이 많은데 이를 Cuffquant로 별도로 할 수 있다.

  1. Cufflinks: assembles transcripts, estimates their abundances
  2. Cuffcompare: compare assemblies without reference
  3. Cuffmerge: merge together several Cufflinks assemblies
  4. Cuffquant: quantifying gene and traiscript expression in RNA
  5. Cuffdiff: tests for differential expression
  6. Cuffnorm: normalize the expression levels

  • --libray-type option을 적절히 해야 한다. 방향성을 고려하면 fr-firststrand 혹은 fr-secondstrand 이고, 그렇지 않으면 fr-unstrand 이다. TruSeq의 경우 fr-firststrand.

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