Cufflinks
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- Hyungyong Kim
Structured data
- Alternate Name
- RNA-seq
- URL
- http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/
Transcriptome assembly and differential Gene expression analysis for RNA-Seq
대표적인 RNA-seq 데이터 분석 프로그램
Tuxedo protocol 로 다음과 같은 프로그램의 조합으로 사용된다.
다음과 같은 파이프라인으로 사용한다. 2.2.1 이후 버전에서는 일반화 분석을 위한 Cuffnorm이 추가됐고, Cuffdiff와 중복되는 부분이 많은데 이를 Cuffquant로 별도로 할 수 있다.
- Cufflinks: assembles transcripts, estimates their abundances
- Cuffcompare: compare assemblies without reference
- Cuffmerge: merge together several Cufflinks assemblies
- Cuffquant: quantifying gene and traiscript expression in RNA
- Cuffdiff: tests for differential expression
- Cuffnorm: normalize the expression levels
팁
- --libray-type option을 적절히 해야 한다. 방향성을 고려하면 fr-firststrand 혹은 fr-secondstrand 이고, 그렇지 않으면 fr-unstrand 이다. TruSeq의 경우 fr-firststrand.
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