The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure.

유전자형 데이터를 Structure 입력 형식으로 변환 후, 파라메터 파일 (mainparams, extraparams)의 값을 조정한 후, 구동한다. 보통 K=1~10 범위에서 각각 seed를 달리하면서 20회 가량 수행 후, Structure Harvester에서 delta K를 계산한다. 차트는 CLUMPAK 프로그램을 이용하여 웹에서 직접 그리거나, Structure output 파일을 파싱하여 직접 그린다.

구동 스크립트 예시

#!sh
#/bin/bash
for i in {1..10}
do
    for j in {1..20}
    do
        ./structure -i ../structure_input.txt -o output-$i-$j -K $i -m mainparams -e extraparams -s -D $j
    done
done

자매품

• fastSTRUCTURE: for large SNP datasets (beta)
• Structure Harvester: visualizing structure output - find delta K
• CLUMPAK: visualize output (bar chart)
• TreeMix: historical relationships among populations

Suggested Pages #

• 0.025 Genetics
• 0.025 집단 유전학
• 0.025 Population structure
• 0.025 Adaptation
• 0.025 Evolutionary biology
• 0.013 August 31
• 0.013 July 30
• 0.013 질병
• 0.013 Data analysis
• 0.013 2018
• More suggestions...