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Genomic Selection in Aquaculture: Application, Limitations and Opportunities With Special Reference to Marine Shrimp and Pearl Oysters #
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수산분야에서 유전체 정보에 기반한 선발은 생산 기여에 중요하다. Genomic selection은 생물학적 경제형질과 연관된 genome-wide 마커에 대한 관계를 이용한다. 본 리뷰논문에서는 이의 기술적 향상, 실무적 필요사항, 상업적 응용에 대해 Pearl oystersMarine shrimp에 초점을 맞춰 살펴본다. 낮은 시퀀싱 가격으로 레퍼런스 없어도, 상용 칩 아니여도 저렴한 genotyping이 가능하다. Genotyping by sequencing 방식을 사용한다. 대규모 영상분석, 기계학습 방법으로 표현형 정보를 확보하고, Breeding value를 계산한다. 이 방법은 질병 저항성, increasing rates of genetic gain, 근친최소화 등 복잡한 polygenic traint을 예측한다. 또한 Genomic selection의 실무적 장점인 대규모 mating, rearing 시스템도 살펴본다.

Summary #

Introduction #

General Principles of Genomic Selection #

Applications of Genomic Selection to Aquaculture #

Pathway for Incorporation of Genomic Selection into Aquaculture Breeding Programs #

Building Genomic Resources #

Optimizing Use of Genomic Resources #

Linking Genotype to Pheontype - Genes of Large Effect #

From MAS to Genomic Selection #

Accurate and Low-Cost Phenotyping #

Understanding Factors Affecting Utility of Genomic Selection #

Mating Design #

Number of Families #

Size of Families #

Number of Generations #

Application of Stagewise and Index Selection #

Exploiting Non-additive Genetic Variance #

Unequal Family Distribution and Maternal Effects #

Use of Realistic Species-Specific Linkage Disequilibrium #

Genotype by Environment Interaction #

Bio-economical Modeling #

Practical Considerations for Implementing Genomic Selection on Farm #

Future Outlook for Shrimp and Pearl Oyster Genomic Selection Application #

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