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Comparative analysis of algorithms for identifying amplifications and deletions in array CGH data #
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Summary #

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Methods #

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Simulated data #

Glioblastoma Multiforme (GBM) data #

Discussion #

많은 high resolution array를 처리하려면 알고리즘 속도가 이슈다. lowess, wavelets 같은 간단한 알고리즘은 빠르지만, HMM, CBS는 느리다.

각 알고리즘을 비교하는건 어렵다. 각 방법은 상황에 따라 각각의 파라메터 최적화가 필요하다.

알고리즘을 향상시킬 몇가지 방법이 있다.

  1. pre-processing 단계를 좀 더 refine 해야 함
  2. 프로브 사이의 거리를 고려해야 함
  3. 다수의 샘플을 동시에 분석할 때 전체 결과를 재 요약하는 일
  4. 다른 데이터베이스와 연동된 가시화 소프트웨어로 분석하는 일

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