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CIViC is a community knowledgebase for expert crowdsourcing the clinical interpretation of variants in cancer #
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About
CIViC
Date Published
Publisher
Nature Genetics
URL

CIViC은 전문가 crowdsourced knowledgebase이다. Open source 코드, 오픈 엑세스, Public API를 제공한다.

Summary #

근래 암에 기여하는 genetic heterogenity와 mutational landscape에 대한 이해의 발전은 놀랄만하다. 임상의사와 연구자들인 특별한 분자 변이와 그 치료에 대해 연구하며, 그 자료는 방대하며 병원은 각각 해당 자료를 따로 모으고 있다.

암 변이에 대한 종합적인 카다로그의 필요성 증가, 커뮤니티 합의 필요.

변이에 대한 임상적 이해를 위해서는 다음 리소스들이 필요하다.

  1. Gene Drug Knowledge Database
  2. Database of Curated Mutations
  3. ClinVar
  4. ClinGen
  5. PharmGKB
  6. Cancer Driver Log
  7. My Cancer Genome
  8. Jax-Clinical Knowledgebase
  9. OncoKB

이들 리소스들은 다음의 단점이 있다.

  1. no public access to content
  2. restrictive content licenses
  3. no public API
  4. no bulk data download capabilities
  5. no mechanism for rapid improvement of the content

이들 한계를 극복하기 위해 CIViC을 오픈소스 지식베이스로 만들다. 이것의 가장 큰 차이는 공개성과 투명성이다.

CiVIC principles

  1. Interdisciplinary (타 학제와 연계하는)
  2. Community consensus
  3. Transparency
  4. Computationally accessible
  5. Freely accessible
  6. Open license

다양한 관련 지식을 고도로 구조화된 Ontology 주도 모델을 만들었다. Gene - Variant - Evidence

API는 MyGene.info를 이용한다.

공개 온톨로지 데이터베이스와도 통합했다.

CiVIC의 많은 기능들은 BioStars와 GitHub에서 영감을 받았다.

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Suggested Pages #

web biohackers.net
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